El acceso a los programas instalados en los clusters se realiza a través de Environment Modules.
- Para ver los módulos disponibles:
module avail
- Para cargar un módulo:
module load nombre_del_modulo
- Para ver una lista de módulos cargados:
module list
- Para quitar un módulo:
module unload nombre_del_modulo
- Para quitar todos los módulos cargados:
module purge
[usuario@mendieta ~]$ ifort --version -bash: ifort: command not found [usuario@mendieta ~]$ module list No Modulefiles Currently Loaded.
[usuario@mendieta ~]$ module avail -------------------------- /opt/modules/aplicaciones --------------------------- espresso/5.0.3 gromacs/2016.1 lammps/2016.11.17 openfoam/4.1 espresso/5.4.0 gromacs/5.0.2 openfoam/2.4 siesta/4.0 -------------------------- /opt/modules/compiladores --------------------------- gcc/5(default) jdk/8u121(default) intel/2016(default) xeonphi/2016 ------------------------------- /opt/modules/gpu ------------------------------- cuda/8.0(default) -------------------------- /opt/modules/herramientas --------------------------- autoconf/2.69(default) bison/3.0.4(default) gdb/7.11(default) automake/1.15(default) cmake/3.7.1(default) binutils/2.27(default) flex/2.6.0(default)
[usuario@mendieta ~]$ module load intel/2016 [usuario@mendieta ~]$ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) /opt/modules/sistema/licencias/intel 2) /opt/modules/sistema/libintel/2016 3) intel/2016(default) [usuario@mendieta ~]$ ifort --version ifort (IFORT) 16.0.4 20160811 Copyright (C) 1985-2016 Intel Corporation. All rights reserved.
[usuario@mendieta ~]$ module purge [usuario@mendieta ~]$ module list No Modulefiles Currently Loaded. [usuario@mendieta ~]$ ifort --version -bash: ifort: command not found
[usuario@mendieta ~]$ module load gcc/5 [usuario@mendieta ~]$ gfortran --version GNU Fortran (GCC) 5.4.0 Copyright (C) 2015 Free Software Foundation, Inc. GNU Fortran comes with NO WARRANTY, to the extent permitted by law. You may redistribute copies of GNU Fortran under the terms of the GNU General Public License. For more information about these matters, see the file named COPYING
Las toolchains soportadas para compilación en los clusters son:
Cluster | Compiladores | MPI |
---|---|---|
Mendieta | GCC 5 Intel Parallel Studio XE 2016 CUDA 8.0 | Open MPI 2 |
Eulogia | Intel Parallel Studio XE 2018 GCC 7 (soporte limitado) | Open MPI 3 |
Mulatona | GCC 7 | Open MPI 3 |
Serafín | GCC 11 AMD AOCC 3.1 | Open MPI 4 |
El módulo de cada compilador incluye flags de compilación adecuados (aunque conservadores) para dicho compilador. Estos se pueden ver corriendo “env | grep FLAGS”
después de cargar el módulo correspondiente.
Es necesario cargar el módulo del compilador a utilizar para poder ver las bibliotecas disponibles para dicho compilador.
Enviar mail a soporte@ccad.unc.edu.ar para que la instalemos.
Las versiones elegidas son las más nuevas posibles al momento de la instalación del software del cluster. Agregar versiones de compiladores multiplica la cantidad de bibliotecas a compilar y para las que dar soporte, por lo que sólo se hace de ser extremadamente necesario.
Porque la suite de compiladores de LLVM no tiene un compilador Fortran estable todavía. Estamos siguiendo el progreso de Flang.
Porque queremos un único MPI para todos los clusters, y algunas aplicaciones no los soportan.
Los usuarios pueden compilar e instalar toolchains propias en sus homes. Recomendamos utilizar Spack para estas situaciones.
Actualmente no tenemos una solución genérica a este problema que satisfaga a la mayor cantidad posible de usuarios. Recomendamos que los usuarios instalen su propio intérprete Python con los paquetes que requieran en sus propios homes utilizando herramientas como Miniconda.